Kościół w Kobyłce jest jednym z najcenniejszych zabytków narodowych budownictwa sakralnego w stylu późnego baroku w Polsce i został zaliczony do zabytków klasy międzynarodowej.

Do najbardziej cennych w kościele należy zaliczyć: prezbiterium i wielki ołtarz, ambonę, oryginalną chrzcielnicę, unikalne loże w prezbiterium, piękne stiukowe kolumny, pilastry dźwigające belkowanie oraz złocony ornament rokokowy, wielki żyrandol w środku kościoła artystycznej roboty z brązu o 60 promieniach w stylu Ludwika XIV, latarnię pod chórem z XVIII wieku, oryginalnej roboty weneckiej, monstrancję, kielich, baldachim, ornaty, feretrony, kaplicę „Ogrójca” i dzwony.

Wielki ołtarz

Posiada on stylową nastawę bogato rzeźbioną w drewnie i złoconą, zawierającą liczne relikwie świętych i wota. Na miedzianej zewnętrznej ścianie tabernakulum jest olejna malatura o wielkiej wartości artystycznej, przedstawiająca Ostatnią Wieczerzę wzorowaną na obrazie Rubensa o tej samej tematyce. Przy prezbiterium jest ambona snycerskiej roboty z płaskorzeźbami. Jedna z nich przedstawia rozmowę Pana Jezusa z Samarytanką przy studni Jakubowej. Po lewej zaś stronie znajduje się oryginalna chrzcielnica o podobnych rozmiarach jak ambona z płaskorzeźbami, z której jedna przedstawia Chrzest Pana Jezusa w Jordanie.

Najcenniejsze freski

W prezbiterium jest scena Adoracji Dzieciątka Jezus przez pasterzy. Nad nią medalion z postacią błogosławionego Athenogenesa biskupa męczennika. W absydzie przedstawiona jest Trójca Święta. We wnękach – Św. Jan Ewangelista i prorok Eliasz z synem wdowy z Sarepty. W kopule nad prezbiterium – koncert anielski i postacie czterech ewangelistów.

W nawie głównej scena Triumfu i Adoracji Najświętszego Sakramentu. W nawach bocznych na ścianach cykl obrazów związany z życiem i cudowną działalnością Pana Jezusa

Kaplica Ogrójca 

W południowej elewacji kościoła znajduje się zabytkowa kaplica Ogrójca wybudowana w latach 1755 – 1763. Są tam piękne freski, artystyczne rzeźby Chrystusa ukrzyżowanego, Matki Boskiej Bolesnej, Św. Jana Ewangelisty i dwóch łotrów na krzyżach.

Stacje Męki Pańskiej 

Na zewnętrznych bocznych ścianach kościoła znajdują się przepiękne freski stacji Męki Pańskiej. Zakryte tynkiem po zniszczeniu przez wojska napoleońskie stacjonujące w kościele w 1812 roku i odkryte w 2000 roku.

Organy 

Organy pochodzą z 1898 roku. Zostały zbudowane przez Henryka Hartmana. Posiadają 16 głosów, dwie klawiatury manualne i pedał oraz zabytkową szafę z XVII wieku.