Kobyłka istniała już w początkach XIV wieku.
Autor pierwszego opracowania o Kobyłce i parafii – ks. Marceli Weiss w swej książce pt. „Kościół parafialny Świętej Trójcy w Kobyłce pod Warszawą” (rok wydania 1901) pisze, że w XIII wieku była tu już parafia i kościół. Niestety, nie podaje na to żadnych dowodów
Parafia w Kobyłce powstała przed rokiem 1415 jako jedna z najstarszych w okolicach Warszawy. W chwili założenia należała do diecezji płockiej.
Z tej dużej parafii wydzielono nowe parafie w Poświętnym w 1445, w Markach w 1917, w Wołominie w 1924, w Zielonce w 1939, w Strudze w 1952, w Duczkach w 1980, w Stefanówce w 1989, w Helenowie w 1997, w Nadmie w 2003 i w Turowie w 2003.
Do 1755 roku parafia była prowadzona przez księży świeckich, w latach 1755 – 1773 przez zakon jezuicki, a w okresie 1779 – 1865 zakon bernardynów. Od 1873 roku do chwili obecnej parafię prowadzą księża diecezji warszawsko – praskiej.
